Para iniciar Nautilus como root tenéis que hacer:
$ gksu nautilus
Si alguna vez os ocurre que no podéis borrar un archivo de la papelera porque no tenéis permisos, hacéis lo siguiente (almenos en Hardy Heron):
$ sudo rm -rf ~./local/share/Trash/file/*
Nota: ~./ equivale a /home/vuestro usuario.